Digitando um código no jogo, o jogador pode ativar o modo What if? ("O que aconteceria se..?" no Brasil). O que aconteceria se..? foi uma série de histórias em quadrinhos que mostrava eventos alternativos na história da Marvel Comics, e do mesmo jeito, o jogo torna-se uma versão alternativa de si mesmo. Apesar de a história continuar a mesma, há sutis diferenças espalhados por todo o cenário e pelo áudio. Quando um novo jogo é iniciado, Uatu aparece e explica ao jogador que as coisas não são mais como eram anteriormente.
Modo ''What If?''
