O jogo abandonou os strikers que foram usados em The King of Fighters 99 e The King of Fighters 2000 e retorna a mesma base usada em The King of Fighters 98.
O sistema de jogo mantém a base tradicional de The King of Fighters, com 4 pulos (baixo, alto, rápido-baixo e rápido alto), corrida, backdash, esquiva e break.
A barra de power funciona como no modo advanced de The King of Fighters 98, enchendo conforme você bate ou apanha. Com ela você pode executar um break, uma esquiva na defesa, cancelamento de ataque com esquiva, entrar no modo MAX, além de fazer os DMs, SDMs e HSDMs. Você pode acumular de 3 a 5 barras, dependendo de quantos personagens você tem (seu primeiro tem no máximo 3, o segundo 4 e o ultimo 5).
Ao entrar no modo MAX, seu personagem terá uma barra que vai esgotando aos poucos. O modo MAX permite que você cancele golpes especiais em outros, gastando parte dessa barra. Você também pode cancelar um golpe em um DM, gastando toda sua barra MAX + uma barra de power ou com SDM e HSDM gastando a barra MAX + 2 barras de power.
DMs, SDMs e HSDMs são, respectivamente, siglas para Desperation Moves, Super Desperation Moves e Hidden Super Desperation Moves. Os Desperation Moves podem ser executados quando você tem uma barra de especial. Os Super Desperation Moves requerem que você esteja com a barra de MAX ativada e também que tenha uma barra adicional. Para os Hidden Desperation Moves, além dos mesmos requerimentos dos SDMs, seu personagem também deverá ter menos de 25% de energia.
