A história de Tomb Raider II envolve a mítica Adaga de Xian, uma arma que foi usada por um imperador da China para comandar seu exército. Ao mergulhar a arma para o seu proprietário coração , a arma tem o poder de transformar seu portador em um dragão. Um flashback revela que a última batalha que foi travada com o Dagger terminou em derrota quando o guerreiro monks de Tibet sucedeu na remoção de a faca a partir de o coração do Emperor. O punhal foi então devolvido ao seu lugar de descanso dentro da Grande Muralha .
O jogo começa nos dias de hoje perto das ruínas da Grande Muralha, onde Lara Croft investiga a lenda da Adaga. Ao chegar à porta que leva ao punhal, ela é atacada por um bandido que afirma trabalhar para Marco Bartoli, um veneziano Mafia líder que tem uma obsessão com a antiga tradição da Dagger. Depois de viajar para Veneza, Lara faz o seu caminho através do esconderijo de Bartoli e uma casa de ópera, onde os homens de Bartoli estão tramando um assalto. Lara consegue acompanhar Bartoli a bordo de seu avião, mas ela está inconsciente antes que ela possa confrontá-lo.
O avião está indo em direção a uma plataforma de petróleo . No local, o culto de Xian ter matado todos os funcionários da plataforma, jogando os corpos no mar e estão realizando escavações em um navio naufragado chamado Maria Doria, um luxuoso transatlântico que foi possuído pelo pai de Marco, que afundou há dois anos . Quando Lara recupera a consciência, ela descobre que a tripulação tomaram suas armas e equipamentos. Ela recupera suas armas e faz o seu caminho através da plataforma de petróleo. Mais tarde, ela aprende a partir de um preso tibetano monge, irmão Chan, que o naufrágio traz um antigo artefato tibetano chamado Seraph. Lara mergulha ao lado de um submersível e chega ao naufrágio. Lá, ela recupera com sucesso o Seraph. Tendo obtido isso, ela se dirige para o mosteiro através de avião.
Como Lara se dirige ao mosteiro tibetano do avião sofre uma falha de motor e terras acidente. À medida que o plane está derrapando ao longo do solo ela consegue para escapar usando um pára-quedas e chega à Monastery Barkhang em Tibet . Lá ela é ajudada por monges em confronto com os bandidos de Marco Bartoli. Com a ajuda dos monges, ela encontra e usa cinco rodas de oração para abrir uma porta que leva a uma sala para segurar o Serafim. Ela continua sua jornada dentro das catacumbas para encontrar o Talião, uma chave usada para abrir a porta que leva à adaga. Depois de enfrentar vários yetis , ela recupera a Talião. A FMV cutscene mostra Lara sair das cavernas. Ela decola em um jipe, enquanto um guarda está patrulhando fora. Outro jipe com dois guardas segue Lara, mas ela consegue escapar.
De volta à China, Lara abre a porta para a câmara segurando o punhal. Antes que ela atinge o artefato, porém, Lara mergulha nas catacumbas abaixo da Grande Muralha. Ela faz o seu caminho de volta para a câmara de tarde, como Bartoli já usou a adaga e é realizado através de um portal para outra esfera. Lara atravessa o portal para um lugar com verdes ilhas flutuantes e guerreiros que ganham vida quando acionado. Ela finalmente se move para a sala onde ela testemunha Bartoli, se transformar em um dragão. In a luta final, Lara administra para renderizar, temporariamente, a inconsciente criatura e puxa o dagger a partir de o coração de Bartoli. Logo após isso, toda a tumba começa a entrar em colapso, e uma parte da Grande Muralha é destruído. No epílogo, Lara volta para casa e é mostrada a limpeza do punhal, quando ela ouve um alarme a sair. Ela descobre o restante dos homens de Marco Bartoli têm monitorado-la para baixo para a Inglaterra e estão a planear para invadir a-la mansão. Felizmente ela domina-los. A cena final é de Lara, despir-se antes de entrar no chuveiro. Ela se vira para a câmera e diz: "Você não acha que já viu o suficiente" Ela, então, explode sua espingarda para a câmera.