História

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Após o fracasso de Shao Kahn em conquistar a Terra, o deus caído Shinnok - ao observar todos os eventos de Netherrealm - pede ajuda ao feiticeiro Quan Chi para fugir do inferno e tomar seu lugar como deus Ancião e invadir a Terra.

Os guerreiros pensavam que finalmente a Terra estava em paz e esteve por um breve período. Mas, ao descobrir das intenções de Shinnok, Raiden - que o monitorava à distância - convoca novamente os guerreiros da Terra para um novo Mortal Kombat. Shinnok reúne os guerreiros falidos, como Reptile e Jarek, membro do clã mercenário Black Dragon de Kano, Noob Saibot que o ajudava em Netherrealm e alimenta ainda mais o ódio de Scorpion por Sub-Zero, que por sua vez está pacificado com os humanos.

Além disso, Shinnok recebe a ajuda de Tanya, filha de um embaixador de Edenia e o ajuda a invadir a terra de Sindel e Kitana. Reiko, um dos generais mais fiéis a Shao Kahn também ajuda o deus caído na promessa de se tornar o novo Imperador.

Sem as regras do Mortal Kombat, a luta tinha que ser travada para impedir que Shinnok conquiste a Terra através de seu amuleto mágico. Por isso, Liu Kang e os aliados Johnny Cage, Jax, Sonya, Sub-Zero e Kai são enviados a Netherrealm para encontrar e deter Shinnok e Quan Chi. Ao lado deles, Fujin, deus do Vento, se alia aos guerreiros para destruir e se vingar de todos os deuses mortos por Shinnok.

Em Mortal Kombat Gold, a versão de MK4 para Sega Dreamcast, Kitana consegue escapar da prisão em que estava por matar Mileena em combate. Mileena é ressuscitada por Shinnok, que a torna comandante do seu exército juntamente com Baraka. Kung Lao aparece para ajudar seus amigos e Cyrax é enviado para matar Sub-Zero, porém vigiado por Sektor. Em ambas as versões, Goro é o subchefe sem razão expressa.